Tzong Khapa ha viaggiato molto in cerca di conoscenza e ha studiato con i maestri di tutte le tradizioni esistenti. Iniziò con Chennga Chökyi Gyelpo, dal quale ha ricevuto insegnamenti su temi come la mente dell'illuminazione e il Grande Sigillo (Mahamudra). Egli è stato iniziato  ai trattati di medicina da Könchok Kyab a Drikung. A Nyethang Dewachen ha studiato “gli ornamenti per la chiara realizzazione” e la “Perfezione della Saggezza” e, eccellendo in discussione, divenne famoso per la sua erudizione. Egli ha anche viaggiato a Sakya, dove ha studiato la disciplina monastica, la fenomenologia, la cognizione valida, la Via di Mezzo e il Guhyasamaja con Lama come Kazhipa Losel e Rendawa. Ha inoltre ricevuto la trasmissione del Sei Dottrine di Naropa, il Kalachakra e la Mahamudra, “il percorso e il suo frutto”, Chakrasamvara e molti altri che trasmise ai suoi discepoli.

In aggiunta ai suoi studi e insegnamenti si impegnò in prolungati ritiri di meditazione. Il più lungo, a Wolkha Cholung, durò quattro anni durante i quali è stato accompagnato dai suoi otto discepoli più vicini. Egli è noto per aver eseguito milioni di prostrazioni, le offerte del mandala e altre forme di pratiche di purificazione. Tzong Khapa spesso aveva visioni di divinità della meditazione e soprattutto di Manjushri, con il quale poteva comunicare per risolvere le sue domande su aspetti profondi degli insegnamenti.

Tzong Khapa ha studiato con più di un centinaio di insegnanti, ha ampiamente praticato e insegnato a migliaia di discepoli, soprattutto nelle regioni centrale e orientale del Tibet. Inoltre ha scritto molto. Le sue opere, comprese in diciotto volumi, contengono centinaia di titoli relativi a tutti gli aspetti degli insegnamenti buddisti e potè chiarire alcuni dei temi più difficili del sutra e degli insegnamenti Mantrayana. Grandi opere sono: “la Grande Esposizione degli Stadi del Sentiero” (Lam-rim chen-mo), “la Grande Esposizione del Tantra (sNgag-Chenmo RIM)”, “l'essenza della eloquenza interpretativa e definitiva degli insegnamenti” (Drnng-nges gambe-snying bshad-PO), “l'elogio della Relatività” (rten-'brel bstodpa), “la chiara esposizione delle cinque fasi di Guhyasamaja” (gSang-rim'dus-gsal lnga-sgron) e “il rosario d'oro” (gser-phreng) . Fra i suoi molti discepoli principali, Gyeltsab Dharma Rinchen (1364-1432), Khedrub Geleg Pelsang (1385-1438), Gyalwa Gendun Drup (1391-1474), Jamyang Chöjey Tashi Pelden (1379-1449), Jamchen Chöjey Shakya Yeshe, Jey Sherab Sengey e Kunga Dhondup (1354-143S) sono quelli più importanti.

Tzong Khapa morì all'età di sessant'anni nel venticinquesimo giorno del decimo mese tibetano, affidando il suo trono di Ganden a Gyeltsabjey. Così è iniziata una tradizione che continua fino ai giorni nostri. Il novantanovesimo successore al trono di Ganden, e quindi il capo formale del Gelugpa, è il Ven. Yeshi Dhondup.

Dei principali monasteri Gelugpa in Tibet, il Monastero di Ganden è stata fondato dallo stesso Tzong Khapa nel 1409 ed è stato diviso in due collegi, Shartsey e Jangtsey. Jamyang Chöje Tashi Pelden invece, fondò il monastero di Drepung nel 1416. Un tempo aveva sette suddivisioni, ma queste sono stati successivamente raggruppate in quattro: Loseling, Gomang, Deyang e Ngagpa. Di tutti questi monasteri, solo Drepung e Gomang sono sopravvissuti fino ai giorni nostri. Un altro dei figli spirituali di Tzong Khapa, Jamchen Chöjey Shakya Yeshi, costruì il monastero di Sera nel 1419. Anche questo inizialmente aveva cinque collegi che sono stati successivamente amalgati in due: Sera-Jey e Sera-Mey. Allo stesso modo, Gyalwa Gendun Drup, il primo Dalai Lama, fondò il monastero di Tashi Lhunpo a Shigatse nel 1447, che doveva in seguito diventare la sede del Panchen Lama.
Il Collegio tantrico inferiore, Gyumey, è stato istituito da Jey Sherab Sengey nel 1440, e l'Alto collegio tantrico Gyuto da Gyuchen Kunga Dhondup nel 1474. Nel momento di più alto splendore vi erano più di cinquemila monaci in ciascuna delle università monastiche intorno a Lhasa, Ganden, Drepung e Sera, mentre c’erano almeno cinquecento monaci in ogni collegio tantrico. I giovani viaggiavano da tutte le tre regioni del Tibet per diventare monaci in queste università monastiche, al fine di ricevere un’istruzione e una formazione spirituale. La tradizione Gelug pone un accento particolare sull’etica, espressa in termini di disciplina monastica, come base ideale per l'istruzione e la pratica religiosa. Di conseguenza, la grande maggioranza di Lama Gelugpa sono monaci, mentre il maestro laico è una rarità. Inoltre, la tradizione Gelug dà molta importanza allo studio, che diventa un prerequisito per la meditazione; di conseguenza, gli insegnamenti sutra e tantra sono oggetto di rigorosa analisi per mezzo di un dibattito dialettico.

In generale, il curriculum di studio comprende cinque grandi temi: la perfezione della saggezza, la filosofia della Via di Mezzo, la cognizione valida, la fenomenologia e la disciplina monastica. Questi cinque sono meticolosamente studiati con il metodo dialettico con i testi indiani accompagnati da commentari indiani e tibetani, spesso libri di testo unici per ogni tradizione monastica, per un periodo di quindici-venti anni. A completamento della formazione, un monaco riceve uno dei tre livelli del grado di Ghesce (Dottorato in Filosofia Buddista): Dorampa, Tsogrampa e Lharampa, di cui il più alto è il grado Ggesce Lharampa.

Successivamente, se lo desidera, il Ghesce può aderire a uno dei collegi tantrici per studiare il metodo tantra e quindi completare i suoi studi formali, o può invece tornare al suo monastero d’origine per insegnare,o ritirarsi in clausura e impegnarsi nella meditazione intensiva. Un monaco che ha completato la formazione di Ghesce è rispettato come un maestro pienamente qualificato, degno di devozione e di stima.

Questa tradizione continua anche in esilio. I monasteri principali Gelug, Sera, Drepung, Ganden e Tashi Lhunpo e anche il Collegio Tantrico di  Gyumey sono stati ricostruiti in vari insediamenti tibetani nel Karnataka, mentre il Collegio Tantrico di Gyuto è stata ricostuito a Bomdila, in Arunachal Pradesh, tutte località in India.